se fosse vc usaria um subdominio, vai facilitar sua gestão e tornar as coisas bem menos complicadas (e menos misturadas)
no wordpress, qq coisa que vc acessar, por ex, blog.com.br/pagina esse /pagina (a menos que vc tenha um index.php dentro da pasta /pagina) quem vai responder por ele é o index.php da raiz, que ai carrega o WordPress e resolve pra vc.