O problema é que o sistema possuí 2 index, uma é do wordpress e a outra é dos arquivos criados para serem integrado. O sistema em wordpress é uma landing page, e o sistema criado para integração é um crm, acredito que no caso do subdominio igual você informou já resolveria, não?
Respondendo a "agora...pensando por outro lado, em teoria vc c..." dentro da publicação [Dúvida] Integração de rota wordpress com arquivos php
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