Retirada de lucro da empresa não é tributavel no IRPF, então você pode ter um prolabore bem baixo, ou nem ter, e ter toda sua renda de pessoa fisica proveniente dos lucros.
CLT tem até 27.5% de seu sálario retido na forte para imposta de renda (IRRF) e ainda tem que declarar/pagar o IRPF também, são coisas distintas.
Mas enfim, PJ com um contador bom, você consegue ter muito mais margem para 'dentro' da lei, nas areas cinzentas e consegue pagar muito menos imposto (até ~10%), enquanto CLT não tem essa opção, é o que é (vc perde ~40% do salario para o governo) e pronto..