A questão é que um bom contador não vai permitir que você tenha um pró labore bem baixo. Além de você não conseguir aplicar para o Fator R (que reduz os impostos), o lucro pode exceder a prática do mercado e ligar o alerta da receira. As chances de cair na malha fina são mais altas (principalmente, dependendo do CNAE que o dev está usando...).
Segundo que, se você não aplica o Fator R, não paga IRPF, vai ter o imposto de 15,5% ou estará sonegando, além de não ter razão contábil que justifica o lucro. Estudei por 10 anos formas de reduzir meu imposto e há não ser que você faça uma coisa "errada", você vai pagar imposto sim.