Certo, vai pagar imposto sim. Mas esse valor pode e tende a ser muito menor (em alguns casos pode ser maior) que de uma pessoa física em regime CLT ou como profissional autonomo, é muito simples na teoria, mas na realidade é bem complexo. É exatamente isso que falou e fez, você pode estudar, e encontrar formas de diminiuir seu imposto, existem diversas legislações diferenes e inúmeras maneiras legais de se chegar a uma aliquota total.

Um exemplo fora da pejotização do mundo corporativo, que reduz custo da empresa, vendendo um embuste que é algo bom para o contrato - é pejotização de médicos e todas os outros profissinais autonomos tradicionais, que desta fomra conseguem aumentar seus rendimentos.