Não, não é justo. Inclusive é até meio antagônico em relação a real finalidade do imposto. Na economia é consenso que o imposto (não apenas ele, a tributação em si) são feitos essencialmente para estimular ou desestimular setores específicos, uma das principais ferramentas estratégicas internacionais e nacionais do governo de aplicar sanções e tal. Aqui no Brasil, o governo vê como fonte de receita.
Se a indústria de transformação paga imposto excessivo por conta da forma burra que ela é feita, altera-se essa dinâmica ou mitiga os impostos para essa área de forma que incentive ela e ponto. Cá entre nós, o Estado tem lugares de sobra para diminuir os custos e gastos para conseguir absorver essa redução de imposto sem precisar punir os outros setores.
Na real, o que isso vai fazer é travar todo o desenvolvimento do país nas poucas áreas que estão conseguindo fazê-lo em prol de fazer com que todas as áreas do país sejam iguais na mediocridade. Se área X funciona porque tem menos imposto e você quer que área Y também se desenvolva, diminiua-o da área Y também.