Usar GIT via terminal ou usar GITKRAKEN? tem diferença?

Não é um problema, mas...

Acredito que não há problemas em usar ferramentas (GUI, frameworks, scripts) que aumentam sua produtividade, mas também é um risco pois pode gerar dependência e te afastar dos conhecimentos básicos.

Por exemplo, há pessoas que sabem muito bem entregar um bom projeto em React, mas não conseguem criar muito além do básico se for usar JS puro ou sem frameworks complexos. Isso não torna o programador ruim, mas afasta de ser excelente.

Sobre a linha de comando

A habilidade de dominar a linha de comando é um "super poder" que faz muita diferença no dia-a-dia do dev, recomendo que insista em usar o máximo de ferramentas que puder via linha de comando (O GIT tem uma excelente UX para isso), mesmo que inicialmente diminua a sua produtividade.

Eu acho que são coisas complementares.

A interface ajuda a visualizar melhor coisas que nem sempre são óbvias pelo terminal.

Mas o terminal é muito mais poderoso, pois se você dominar os comandos, pode fazer basicamente tudo. Tanto que o GitKraken tem um terminal dentro dele. Não sei se somente a interface permite fazer tudo que é possível pela linha de comando, mas para a maioria dos usos mais comuns, acredito que seja o suficiente.

Não tem nada de errado usar ferramentas que te deixam mais produtivo. O que não pode é ficar dependente delas. Por exemplo, eu uso IDE's como Netbeans ou VSCode para escrever código, mas ainda prefiro fazer o build na linha de comando para não ficar viciado na ferramenta (e também porque isso me ajuda a compreender melhor o que acontece por debaixo dos panos).

No caso específico do Git, uma dificuldade que eu tinha era entender de fato a estrutura de um repositório, e como cada comando mudava esta estrutura. Até que achei este artigo, muito esclarecedor. Depois de lê-lo, os comandos passaram a fazer muito mais sentido, ao ponto de eu raramente precisar de uma ferramenta gráfica.

Mas cada um é cada um, use o que você achar melhor :-)

Acho que é mais do gosto pessoal. Eu prefiro o Github Desktop devido a sua interface fácil de usar e prática. É muito útil na hora de revisar arquivos antes de "commitar", sem falar do merge também.
Caso tenha interesse, segue link: https://desktop.github.com/

É importante lembrar que geralmente a gente acessa o servidor de produção por terminal, então é bom se familiarizar com o terminal mesmo que ainda esteja no seu próprio ambiente de desenvolvimento. Pode ser que tenha dificuldades em adotar isso no começo durante o desenvolvimento, mas quando chegar no ambiente de produção, pra configurar um VPS por exemplo, e vai se sentir em casa