Não é um problema, mas...

Acredito que não há problemas em usar ferramentas (GUI, frameworks, scripts) que aumentam sua produtividade, mas também é um risco pois pode gerar dependência e te afastar dos conhecimentos básicos.

Por exemplo, há pessoas que sabem muito bem entregar um bom projeto em React, mas não conseguem criar muito além do básico se for usar JS puro ou sem frameworks complexos. Isso não torna o programador ruim, mas afasta de ser excelente.

Sobre a linha de comando

A habilidade de dominar a linha de comando é um "super poder" que faz muita diferença no dia-a-dia do dev, recomendo que insista em usar o máximo de ferramentas que puder via linha de comando (O GIT tem uma excelente UX para isso), mesmo que inicialmente diminua a sua produtividade.