Eu acho que são coisas complementares.

A interface ajuda a visualizar melhor coisas que nem sempre são óbvias pelo terminal.

Mas o terminal é muito mais poderoso, pois se você dominar os comandos, pode fazer basicamente tudo. Tanto que o GitKraken tem um terminal dentro dele. Não sei se somente a interface permite fazer tudo que é possível pela linha de comando, mas para a maioria dos usos mais comuns, acredito que seja o suficiente.

Não tem nada de errado usar ferramentas que te deixam mais produtivo. O que não pode é ficar dependente delas. Por exemplo, eu uso IDE's como Netbeans ou VSCode para escrever código, mas ainda prefiro fazer o build na linha de comando para não ficar viciado na ferramenta (e também porque isso me ajuda a compreender melhor o que acontece por debaixo dos panos).

No caso específico do Git, uma dificuldade que eu tinha era entender de fato a estrutura de um repositório, e como cada comando mudava esta estrutura. Até que achei este artigo, muito esclarecedor. Depois de lê-lo, os comandos passaram a fazer muito mais sentido, ao ponto de eu raramente precisar de uma ferramenta gráfica.

Mas cada um é cada um, use o que você achar melhor :-)