Acho que é mais do gosto pessoal. Eu prefiro o Github Desktop devido a sua interface fácil de usar e prática. É muito útil na hora de revisar arquivos antes de "commitar", sem falar do merge também.
Caso tenha interesse, segue link: https://desktop.github.com/
Em resposta a Usar GIT via terminal ou usar GITKRAKEN? tem diferença?
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Entendo. Realmente o github desktop é muito legal e eu n conhecia, obgdo.