Até porquê a receita não fica de olho em peixe pequeno, não tem como. Já pensou a quantidade de MEI que existe no país, nunca terão efetivo suficiente para acompanhar cada CNPJ. E por isso há muitos que até se enquadram como atividade aceita no MEI, estouram bastante o limite anual, como não precisam fazer nota... Acaba não dando em nada.
Não é tão simples, como estão recebendo de CNPJ são obrigados a emitir nota, não é opcional, até por que, quem paga precisa prestar contas. Agora pense, estou com CNAE de Lista de DAdos que é o mais comum nisso, e faturo todo mes para uma empresa de desenvolvimento de software. Claro que a RF sabe muito bem, atualmente eles sabem de tudo, até de PF, o que ocorre é que provavelmente, realmente, eles não estão preocupados agora com isso, porém, uma vez feito, nunca vai expirar, isso vai estar registrado e se um dia forem ver, encontrão.