Legalmente sim, mas é o que acontece, inclusive, não só na nossa área. Já vi muitas lojas que vendem até bem, tem mais de um funcionário, já tem alguns anos e são MEI.
Muitos designers, programadores, técnicos de informática fazem isso, pelo menos até terem a certeza que conseguem subir para ME e arcar com os custos, que não são poucos, de tributos, contabilidade obrigatória, certificado digital, alvará etc.
Aí surgem os mais variados cnaes, desde manutenção de computadores, apoio administrativo, edição de produtos gráficos, até mesmo treinamento.
Entendo que estão errados perante a lei e a multa existe, mas não os julgo e nunca vi ninguém ser multado. Até porquê a receita não fica de olho em peixe pequeno, não tem como. Já pensou a quantidade de MEI que existe no país, nunca terão efetivo suficiente para acompanhar cada CNPJ. E por isso há muitos que até se enquadram como atividade aceita no MEI, estouram bastante o limite anual, como não precisam fazer nota... Acaba não dando em nada.
Como que um programador que está iniciando a carreira, contrata um contador e gera os demais custos que foram citados sem a garantia que vai ter serviço para poder pagar tudo isso. E ainda gerar uma darf pra pagar com mais de 15% do valor do serviço. É bem pesado para quem não tem clientes recorrentes.
Então você está certo na colocação, infelizmente programador não pode ser MEI. Mais uma vez percebe-se como o estado força as pessoas para a ilegalidade, enquanto poderia facilitar a vida de quem quer fazer a coisa certa. A piscina tá quentinha pra quem caminha pelo errado.