Acredito ser o melhor caminho para quem quer vender um serviço de software como você.
Tem alguns escritórios online de contabilidade que vão cobrar 100 reais de mensalidade e a abertura gratuita (continua sendo necessário pagar as taxas da junta comercial e prefeitura).
Mas honestamente, recomendo primeiro você vender uma quantidade razoável de licenças, validar a viabilidade do seu produto e só aí abrir um CNPJ.
Se antes disso acontecer de alguém pedir uma nota fiscal, pede para algum amigo conm cnpj emitir.