Acredito que a implatanção do IVP6 não seja tão ligada ao programadores e sim aos engenheiros de infraestrutura, de forma geral hoje em dia software é desenvolvido de forma "isolada" na camada de aplicação ou um pouco na camada de transporte caso sua aplicação precise lidar com algo de baixo nivel. Ou seja, simplesmente esperamos que a informação chegue até nós, "como" ela chega é abstraido.
É possivel desenvolver sua aplicação, coloca-la em produção usando IPV4 e eventualmente alterar sua infraestrutura para funcionar com IPV6. E de fato, esse é o objetivo das "camadas" teóricas, prover autonomia e isolamento funcional entre elas.
Em relação ao por que o IPV6 ainda não é tão incorporado com a internet atual, acredito que seja devido à falta de infraestrutura por parte dos provedores de internet, querendo ou não há um custo de atualização dos equipamentos para novos que funcionem usando o protocolo.
Desta forma, quando fazemos os setup de um servidor/software buscamos atender a maior gama de usuarios possivel, no momento, estes usam o IPV4. Claro, não é necessario escolher entre os dois, é possivel ter compatibilidade com ambos os protocolos, mas com certeza essa é a ultima das preucupações de uma nova empresa lançando um novo produto/aplicação.