Acho que a resposta é bem simples: puro machismo.
É triste, mas infelizmente ainda rola esse tipo de distinção em muitas areas, e em TI é bem mais notável. É um mercado quese que dominado por homens, então existe muito essa cultura de TI ser "coisa de homem".
Essa mentalidade não é exclusivamente responsabilidade das empresas (embora elas tenham sua parcela de culpa), mas também é reflexo da sociedade em geral. Muitas vezes, trazemos para o ambiente de trabalho nossas próprias concepções culturais. Assim, um "chefe" pode tomar decisões de contratação com base em suas próprias perspectivas de vida. Se ele acredita que TI é uma área reservada aos homens, é provável que uma candidata não seja considerada para uma vaga, mesmo que possua mais experiência do que um candidato do sexo masculino.
Felizmente, muitas empresas estão começando a reconhecer essa disparidade e estão implementando políticas de inclusão, como a criação de vagass afirmativas para mulheres em cargos de TI, na tentativa de equilibrar essa desigualdade de gênero. Então, não desanime. Continue estudando e vá em busca de um ambiente melhor para trabalhar.