Ninguém sabe ao certo. Existem percepções. Não há dados que comprovem nada.

Não parece ter uma diferença muito grande entre elas. Eu acho que Java tem mais vagas. Mas também acho que tem bem mais programadores Java que C#, o que, se eu estiver certo, tem mais vagas disponíveis para C#. Ainda que possa ter menos anúncios. Minha percepção é que C# preenche as vagas de forma mais discreta que Java (networking).

Reforço, tudo isso é minha percepção. Ela é bastante ampla e eu observo vários aspectos, não pego só a primeira impressão.

Não é verdade que .NET não é tão usado no Linux, cada ve mais está sendo usado, mas é mais para web. Na verade as pessoas quase que só andam usando web. Uma pena. Em Linux Java parece ser mais usada mesmo, entre as duas. Na verdade vejo linguagens de script ganharem fácil nesse ambiente. Em desktop eu tenho quase certeza que C# ganha fácil de Java.

Em desktop, a maioria esmagadora das empresas usam Windows. Em servidores a maioria usa Linux.

Eu ainda vou falar muito sobre o mercado de trabalho porque vejo que existem muitos mitos sobre isso. Não só de quem está entrando, que é bem generalizado, mas até mesmo de pessoas experientes que aprenderam errado, ouvem muita gente falando errado, e por isso treinaram o erro. Assim o que elas fazem é o erro. Por isso não treine o erro.

Por falta de informação adequada os mais jovens costumam ter percepções bastante equivocadas e acabam não sabendo o que fazer. Não cabe tudo o que preciso falar aqui, mas esta pergunta é uma que me ajudará produzir um conteúdo sobre isso.

Mas tenha em mente que ninguém sabe o que é bom para você. Até porque ninguém sabe se tomará todas decisões certas. Uma grande decisão certa pode ser totalmente prejudicada por diversas pequenas decisões erradas.

E lembre-se que desenvolver softwares é criar soluções. É tomar decisões o tempo todo. Precisa pesquisar todas as informações e fazer escolhas. Comece treinar isso. Não dependa de ninguém.

Faz sentido para você?

Espero ter ajudado.

Farei algo que muitos pedem para aprender a programar corretamente, gratuitamente. Para saber quando, me segue nas suas plataformas preferidas. Quase não as uso, não terá infindas notificações (links aqui).