Existe sim muita diferença. No geral, uma unifersidade pública vai te preparar melhor, pois você estará em um ambiente praticamente hostil e terá que aprender a se virar na marra. Você encontrará ótimas pessoas e terá professores (nem sempre bons) mais bem preparados, é um ótimo lugar para fazer networking.
Muitos tem a ideia errada de que as universidades públicas são as melhores, na verdade elas apenas te preparam melhor, pelos motivos que eu disse anteriormente. Já nas particulares acontece o inverso, muitas até te ensinam melhor, mas te preparam menos. Tudo é um tradeoff, não existe opção perfeita para nada.
Faculdades EAD são ótimas para quem já trabalha e quer fazer uma transição de carreira. Elas não são nem de longe as melhores, mas te garantem um ensino superior, que já é muito melhor do que qualquer curso da internet. Sempre procure universidades com boas notas no Enade e boas avaliações do MEC, pois são as métricas que temos (não as melhores). Por exemplo, na minha universidade (UFRGS) a maioria absoluta dos cursos têm nota máxima no Mec e no Enade, mas a média de evasão da universidade é de 50%, que muito alta.
Sobretudo no curso que eu faço, Matemática Aplicada Computacional, a evasão está na casa dos 80%, o que demonstra que o ensino não é tão bom assim, pois forma pouco, mas quando forma, o egresso é preparado para enfrentar qualquer problema.
Em síntese, se você quer entrar de cabeça e entender a fundo, com uma mentalidade autodidata e de forma muito aprofundada, as universidades públicas são o seu lugar. Se você não tem como se dedicar muito, ou acha que teria muita dificuldade em um ambiente mais hostil, uma universidade particular é a melhor opção. Agora sobre EAD e presencial, prefira presencial sempre caso tenha a oportunidade de escolher, independentemente do que falem por aí, qualquer coisa presencial é melhor, a diferença é que no EAD tu tem mais versatilidade e rapidez para algumas coisas. Se você for um aluno empenhado metade do processo já estará feito, uma boa universidade irá facilitar, acelerar e focar esse empenho.