A ideia do docker-composer é justamente agrupar esses diversos microserviços, criar dependencia entre eles, conectar tudo em rede, etc.. etc...
Geralmente você vai ter um docker-composer na pasta raiz do projeto e dentro desse composer você cria os "services" pra cada micro serviço que estão nas subpastas.
Dai com docker-compose up -d voce sobre tudo de uma vez e com docker-compose down você derruba tudo.
Fez sentido ou seu caso é mais específico?
Se for diferente, compartilha mais detalhes pra gente bater cabeça juntos