Obsidian
Uma ferramenta de anotação poderosa onde você escreve em Markdown e as notas ficam na sua máquina. Também é possível referenciar as notas entre elas e ver um mapa geral das anotações salvas.
Além disso, a ferramenta possui vários plugins, dentre eles, sincronização das notas com repositórios git, calendário, etc.