Exatamente, quando você migrar terá definido o seu pro labore. Geralmente os contadores definem 28% do faturamento do mês anterior e um salário mínimo quando não houve faturamento ou quando 28% for menor que um salário mínimo. Então desse valor do pro labore é calculado o INSS e o Imposto de Renda, que você paga mensalmente. No restante que você retira como lucro, você não paga imposto.
Assim que você migrar será obrigatório ter um contador, ele fará todos os cálculos e emitirá as guias para você. É importante você saber esses cálculos para controlar seu faturamento e prever seus impostos.