No bruto, os desenvolvedores contratados como PJ vão receber mais... mas nem sempre no líquido. Provavelmente estão fazendo desvios contábeis: pró-labore na faixa isenta do IRPF e notas fiscais com CNAE's não relacionados. Uma hora vão cair na malha fina...

Mesmo em um contrato de exclusividade, você quem deve fazer seu horário (legalmente falando), definir seu cronograma e estipular as entregas. Fora desses casos, é um emprego disfaçado, em algum momento a empresa que contratou levará o processo por isso.