Dúvida com subdomínios

É o seguinte. Não sou experiente subindo sites para a web e a primeira vez fazendo com subdomínios utilizando o FileZila.
O meu mapeamento de rotas funciona da seguinte forma: o usuário digita a URL, o arquivo .htaccess aponta para o arquivo index.php. Esse arquivo é responsável então por pegar a rota que o usuário digitou, percorrer uma array multidimensional de rotas que digitei e chamar o método de um controller específico. Esse controller, por sua vez, renderiza a view. Fiz isso em PHP puro.
Qual o problema: o arquivo index.php está dentro da pasta public_html e todo resto do site é um diretório anterior. O site foi inteiro feito dessa forma e refatorar agora de forma que o index fique no diretório "/" é extremamente trabalhoso.
Então, mudei o root do subdomínio para "subdominioexemplo.com.br/public_html", esperando que o arquivo index seja executado corretamente e dê tudo certo. Fazendo dessa forma, tive um problema. Agora, quaisquer rotas funcionam, com exceção da rota principal "/". Alguém pode me ajudar? Estou com o tempo bem apertado e realmente não tenho ideia de qual o problema.