Aqui onde estou, não sou o único programador, mas sou o responsável pelo time de desenvolvimento, suporte e etc. Hoje sou sócio, mas fui CLT e o responsável por tudo.
O que posso te dizer, tendo uma uma experiência parecida é:
A empresa precisa enchergar valor em você.
Se é o único para isto tudo, talvez o dono deveria se perguntar: se eu perder este programador, eu vou ter de fechar a empresa ou não?
Se a resposta for sim, então você é essencial e ao invés de ser um simples funcionário, deveria ser um sócio onde vai ajudar a empresa a crescer.
Se a empresa depende de vc e vc é o sócio, vc vai trabalhar mais e muito mais motivado pra fazer crescer muito mais, com isto todos saem ganhando.
Conversa com seu chefe e oferece ele a sociedade, ele te dá 5 ou 10%, vc vai ser sócio e responsável, fará a empresa crescer mais e todos saem ganhando