Eu não tenho muita propriedade para dizer sobre o impacto do ágil nisso, mas acho que é menos culpa da metodologia e mais culpa de quem aplica ela.

Entretanto, como já tenho um tempo de estrada, percebo que a compartimentalização de conhecimentos e atividades tem esse efeito de diminuir o espaço de inovação. Por exemplo, vemos cada vez mais uma fronteira muito forte entre backend, frontend, banco de dados, infra.... É claro que em cada uma dessas áreas as atividades tem se tornado mais complexas e é esperado a necessidade de especializações, mas o que também está acontecendo é o total desinteresse em quem está em algum desses nichos em relação aos outros.

Para a indústria isso é ótimo pois podem ver o funcionário como uma peça facilmente substituível, as coisas passam a ser "fabricadas" e não "criadas". É por conta desse tipo de coisa que é tão normalizado alguém de backend não saber o básico de frontend, temos profissionais que se denominam nível pleno de qualquer coisa, mas não consegue colocar uma aplicação simples no ar fazendo todos os papéis mais comuns: backend, frontend, DBA, infra...

Quando comento isso nas discussões que participo, normalmente sempre tem alguém que interpreta: "Mas você está dizendo que devemos voltar na época dos WebMasters e tal....", e não é esse o questionamento, o questionamento é que estamos cada vez mais normalizando que devs sejam ultraespecializados e achando que isso é uma coisa boa, quando na verdade é boa apenas para a indústria (até certo ponto), e como consequência matamos a inovação.

Ferramentas como jQuery e Bootstrap surgiram de grupos de desenvolvedores que boa parte eram "backenders" e queriam uma forma mais simples de construir interfaces e interagir com elas. O que temos hoje de Svelte, Angular, React, Tailwind e etc, é em boa parte herança das ideias dos projetos jQuery e Bootstrap lá do passado.