Não sei se existe um padrão adotado por empresas por aí.
Na nossa, pelo que eu saiba o processo é GIT via CLI, e GitHub pelo navegador mesmo.

Sobre isso aqui:

Eu sei que é importante ter conhecimento dos dois, mas gostaria de saber qual é o mais escolhi em um ambiente profissional.

Tem tantas outras coisas mais importantes para se preocupar (como o próprio uso do Git), se alguma empresa requerer esse tipo de coisa (GH desktop ou CLI) é uma empresa ruim.