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Não sei se existe um padrão adotado por empresas por aí.
Na nossa, pelo que eu saiba o processo é GIT via CLI, e GitHub pelo navegador mesmo.


Sobre isso aqui:

Eu sei que é importante ter conhecimento dos dois, mas gostaria de saber qual é o mais escolhi em um ambiente profissional.

Tem tantas outras coisas mais importantes para se preocupar (como o próprio uso do Git), se alguma empresa requerer esse tipo de coisa (GH desktop ou CLI) é uma empresa ruim.

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Pois meu Nobre. Acredito que isso é de menos, entretanto as empresas deve optar mais pra um lado do que para o outro, eu imagino. Agradeço pelo o seu ponto de vista!