Aqui na empresa estamos usando o Github Projects e tem funcionado muito bem.
Você pode criar um projeto dentro de um repositório ou dentro de uma organização e fazer referências para diversos repositórios, a gente faz dessa última forma.

Utilizamos a visão Kanban, fica próximo ao que o Trello oferece, mas com o link dos repositórios e triggers que você pode customizar fica um controle muito bom.

Usar milestones nos repositórios e datas de prazos que o Github também oferece, pode dar ainda mais controle sobre o projeto.