Minhas opiniões pessoal.

C# (.NET)

Desvantagens

• Código fechado
• Versão community é capada
• Deveria atuar em mobile mas o Windows Mobile foi um fracasso
• Promete que é multiplataforma mas fracassou quando a questão é migrar Windows/Linux
• Mão-de-obra com preços médios, mas em falta

Vantagens

• Linguagem não verbosa
• Aprendizado mediano
• Boa velocidade
• Robusta não quebra em sistemas por maiores que sejam
• Atua bem na área de desktop e na web
• Bibliotecas são bem padrões entre a comunidade
• Bom para sistemas pequenos, médios ou grandes
• Comunidade com foco, utilizam quase sempre a mesma IDE, Framework e bibliotecas
• Código dinâmico que melhora sua velocidade durante as execuções e sem intervenção do programador

Não sei informar

• Migração entre banco de dados.
• Consumo de memória
• Custo de hardware
• Custo de treinamento

PHP

Vantagens

• Código aberto
• Aprendizado rápido
• Linguagem objetiva
• Custo de hardware baixo para executá-la
• Boa velocidade
• Pouco consumo de memória
• Mão-de-obra barata e abundante
• Baixo custo de treinamento
• Na versão nova o código melhora durante a execução.

Desvantagens

• Quebra em sistemas maiores
• Se a migração entre platormas nunca foi algo previsto, isto pode ser um problema.
• Se a migração entre banco de dados nunca foi algo previsto, isto pode ser um problema.
• Se o compartilhamento de bibliotecas nunca foi algo previsto, isto pode ser um problema.
• Comunidade dispersa entre várias IDEs, frameworks, bibliotecas e plataformas

Java

Vantagens

• Código aberto
• Robusta não quebra em sistemas por maiores que sejam
• Boa velocidade
• Atua nas mais diversas áreas desktop, mobile, web e eletrônica.
• Mesmo em migrações não pensadas entre platormas é tranquila.
• Mesmo em migrações não pensadas de banco de dados é tranquila, pois usar JPA é "cultural" na linguagem.
• Compartilhamento de bibliotecas é tranquilo, pois usar Maven ou Gradle é "cultural" na linguagem.

Polêmico

• Em geral, linguagem verbosa (é possível contornar com Kotlin ou Groovy)

Desvantagens

• Aprendizado super lento
• Custo de hardware mais alto para executá-la
• Alto consumo de memória
• Mão-de-obra cara e abundante
• Alto custo de treinamento
• Código dinâmico que melhora sua velocidade durante as execuções e sem intervenção do programador
• Não compensa para sistemas pequenos
• Comunidade dispersa entre várias IDEs, frameworks, bibliotecas e plataformas