Mercado Pago é o mais prático que já usei. Stripe, Asaas e Pagarme são muito usados também. Paypal vejo muito em sites gringos, no Brasil não é tão forte, apesar de estar por aqui há muitos anos.
Sua escolha deve balancear praticidade de implementação e taxas envolvidas.
Sobre o Mercado Pago já vi uma galera reclamando sobre rejeições/erros em transação com cartão de crédito... Mas não sei o quão grave é esse problema. Se é algo pontual ou sempre acontece ou depende de como é feito a integração, etc;
uso mercado pago e PayPal, no MP ha um problema enorme com recusas, quase sempre é porque em algum momento o comprador usou o MP com um email, dai wuando vai comprar com outro, ele recusa...
Já o PayPal, o problema é que toda compra é com cartão de crédito, nao tem Pix por exemplo.