É um investimento, todo investimento tem seus custos envolvidos. No caso dele eu acho válido, já que o objetivo é licenciar um software que ele criou.
Se fosse só pra vender a hora de trabalho aí eu iria de MEI mesmo.
Respondendo a "O único problema é que pra abrir um CNPJ custa..." dentro da publicação Tributos sobre licença de software
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