Eu não discuto muito isso, mas o problema é simples e exclusivamente um: monopólio da Microsoft nos anos 90 e 2000.
Depois disso, pra reverter, é muito difícil. A M$ fez seu nome no momento certo, agora é tarde demais pra correr atrás. Ao menos, é muito trabalhoso para um sistema opensource.
Qualquer outro motivo que se discutir é menor do que esse monopólio.
Por isso é melhor nem se importar com isso.