Uma das coisas que me incomodam no Notion é a lentidão. Tenho muito conteúdo lá e algumas páginas são bem longas, estas são terríveis de editar. Já ouvi falar que o Obsidian é melhor nisso, mas eu precisaria estudar uma forma de fazer a importação dos meus dados do Notion para o Obsidian, porque seria inviável fazer manualmente ou perder as informações.
Tratar o "só funcionar online" como ponto negativo é válido se você precisa usar em alguma situação X sem Internet, eu devo usar o Notion há uns dois anos e nunca tive problemas com isso. Mas, "uma empresa com todos os meus dados sobre a organização da minha vida" só é um argumento válido se você não usa o Obsidian para compartilhar dados entre dispositivos, visto que aparentemente não existe a possibilidade de hospedagem própria do servidor1.