Eu fiz Unicamp, mais especificamente Sistemas de Informação. Quase ninguém conseguirá te dizer exatamente a diferença entre duas faculdades, a menos que tenha experimentado ambas. O que posso dizer é que, se você é do tipo que se dedica, não perderá nada escolhendo a Unicamp.

Apesar do campus de tecnologia ser em Limeira, a Unicamp é toda integrada, você pode fazer algumas disciplinas em Campinas e pegar o Intercamp (ônibus entre os campi Limeira-Campinas) — as regras podem ter mudado, mas aí você pode perguntar em algum grupo da Unicamp no Facebook.

Como a Unicamp é gigante, muitas oportunidades de estágio surgem na área, e existem grandes empresas justamente porque o polo tecnológico de Campinas fica perto da Unicamp.

Edit: O meu comentário foi todo sob o ponto de vista de alguém que atua no mercado, e acho que é o seu interesse, já que a FATEC é mais focada nisso, mas caso seu desejo seja seguir na área acadêmica, escolher a Unicamp é a melhor opção.