Rapaz, também trabalho há três anos numa startup. Sei bem como é. Trabalho com código legado, moderno (mas aqui já estamos aplicando boas práticas de desenvolvimento) e home office, também. Estou satisfeito onde estou. Há muito trabalho a ser feito, muito conhecimento a ser adquirido e, portanto, ainda não é hora de sair.
Eu já acho que dedico muito do meu tempo a empresa (segunda a sexta trabalhando e estudando por conta própria) e pouco tempo a vida pessoal (final de semana), mas no seu caso, não está valendo a pena continuar nessa startup. Sei bem como é procurar emprego nos cenários atuais do mercado e sei que às vezes precisamos sacrificar salários altos/bons benefícios em troca de uma boa carcaça! (conhecimento e experiência), mas confesso que se eu fosse você pediria o que é justo (um salário/benefícios mais atrativos) ou iria buscar outro emprego.

Por que digo isso? Porque há uma grande chance de você perder totalmente aquela motivação pela área, perder aquilo que faz os olhos "brilharem" pela coisa toda.

Enfim, é só a opinião de alguém com um caso parecido, mas que ainda tem motivação e paixão pela área, carreira e lugar onde trabalha.

Pense bem nisso, afinal, é a sua carreira que está em jogo!
Espero que fique bem. Se quiser conversar algum dia, é só chamar. Sucesso na jornada e que Deus te abençoe!!