Seja sincero, faça perguntas que realmente te interessam. Pro meu emprego atual, eu perguntei:

• como é o "dia a dia" normal da empresa? Se tem muitas reunioes, planejamento, pair programming, code review, etc.
• como o conhecimento é compartilhado entre os membros da empresa? E o que a empresa faz pra garantir que os funcionarios estejam atualizados com as tendencias?
• como a empresa lida com a comunicação? dado que ela é totalmente remota e tem pessoas com fuso horarios diferentes

Nada espetacular, mas sao pontos que pra mim contam bastante na hora de escolher um emprego. Alem disso, minha segunda pergunta fez o CTO admitir que eles ainda nao tinham um processo bom para isso e perguntou se eu tinha sugestoes, o que mostrou humildade e desejo de melhorar, e ja no meu primeiro mes na empresa comecamos a aplicar uma das minhas sugestoes