Não tenho certeza do motivo da fala, mas tenho uma hipótese. Acredito ser devido ao padrão de terminal das duas plataformas, no Linux/Mac você tem shells muito parecidos, tipo bash, zsh e fish. Já no Windows, por padrão você tem o Powershell ou mesmo o prompt de comando do Windows, estes são bem diferentes do padrão Linux/Mac, comandos todos diferentes, jeitos de apresentar variáveis de ambiente e etc.

Aí se você tem um projeto que não leva essas diferenças em consideração, pode acabar simplesmente não rodando em Windows, ou necessitando de uma versão dos scripts especificamente para Windows.

Também existem alguns casos de ferramentas que nascem no ambiente Linux, como foi o caso do Docker, que teve que ser adaptado posteriormente para funcionar no Windows.

No entanto a Microsoft percebe isso hoje e desde o lançamento do WSL (ou WSL 2) não vejo nenhum problema de compatibilidade com Windows, já que basicamente esse sistema permite que você rode um linux virtualizado de forma transparente dentro do Windows.

No fim tudo depende do tipo de dev também, se você desenvolve aplicações para ambientes Microsoft específicos, aplicações desktop para Windows e etc, usar Windows acaba sendo a melhor escolha, do contrário você acabará virtualizando o sistema de qualquer forma para testar seu app.