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Pensando por esse lado, essa solução seria mais fácil mesmo. Nem pensei por esse lado, pois meu .env não se encontra no repositório, estou configurando as variáveis diretamente no Heroku. Acredito que quando eu abrir o código seria interessante um.env padrão.

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É. Geralmente as funções que facilitam o uso de variáveis de ambiente permitem a definição de um valor padrão.
Ex.:

Config.get('NODE_ENV', 'dev')

No exemplo, se NODE_ENV não existir a função retorna dev.