Você esta enfrentando algum outro grande problema com essa abordagem? Porque me parece uma boa opção. Você consegue manipular os dados caso existam e, caso o contrario, você sinaliza a falta deles. Levando em consideração a criticidade desses dados para a execução do seu sistema.
Uma outra opção, pode ser setar um valor padrão para cada variavel caso não exista no .env.
Pensando por esse lado, essa solução seria mais fácil mesmo. Nem pensei por esse lado, pois meu .env não se encontra no repositório, estou configurando as variáveis diretamente no Heroku. Acredito que quando eu abrir o código seria interessante um.env padrão.
É. Geralmente as funções que facilitam o uso de variáveis de ambiente permitem a definição de um valor padrão.
Ex.:
Config.get('NODE_ENV', 'dev')
No exemplo, se NODE_ENV não existir a função retorna dev.