Compreendo como fazer o Where para isso, o problema é deixar isso genérico e escalável, já que colocar a clausula Where em todos os meus selects pode ser trabalhoso e até perigoso caso eu esqueça de colocar em algum.

A anotação @WHERE do hibernate aplica uma clausula where para toda query que envolve a classe que recebeu a anotação. Não queria usar ela pois é muito difícil ou até impossível realizar uma query sem o próprio hibernate inserir a clausula, fazendo com que eu NUNCA consiga realizar uma query para buscar os registros deletados

Já analisei meu caso e realmente acho melhor usar o soft delete