Uma opção é, em vez do soft delete, usar uma tabela de histórico.

Aí quando deletar, na verdade você move o registro pro histórico. Ou seja, lá só vai ter os deletados, e na tabela original os não deletados.

Ou se quiser continuar com soft delete, simplesmente não use a anotação e lembre de colocar um where em todas as queries. Não tem jeito, e assim como disseram acima, não sei qual é o problema. É tão comum isso...