Espero que o exemplo (real) abaixo esclareça a realidade.
A opção é por conta de cada um...
A ideia aqui é simplesmente receber como PJ o valor real que a empresa já gastaria em uma contratação CLT.
Se o indivíduo vai poupar por contra própria (simulando um INSS e FGTS próprios) ou não, é decisão de cada um.
Excelente! Apenas corrigo que, se não feita a sonegação e for aplicado o fator R (para depois de 12 meses os impostos cairem para 6%), na verdade os impostos serão de 15,5% nos 12 primeiros meses ganho líquido real de 5.823,53 e depois dos 12 primeiros meses passa para 6.524,73. Você só esqueceu que na modalidade PJ você é obrigado a retirar pro labore de todo jeito (mesmo que seja um salário mínimo), portanto também é obrigado a contribuir 11% deste valor com INSS.
Nesse caso que você mencionou também destaco que, como é menos que 8K/mês, não incide IRPF/INSS para o pro labore. Claro que tanto no artigo quanto aqui não falo de sonegação (utilizar um CNAE do Anexo III). Já tive colegar que caíram na malha fina e prefiro evitar.