Se vc seta o seed a cada iteração de um loop, e ele é baseado em algo como o timestamp atual (que é uma implementação bem comum), corre o risco de 2 iterações serem tão rápidas que acabam usando o mesmo seed, e aí ele vai gerar o mesmo número.

De qualquer forma, isso é desnecessário. Basta setar apenas uma vez no início, que os algoritmos usados atualmente garantem uma boa aleatoriedade.

Quanto à criptografia, não tem nada a ver com setar o seed várias vezes, e sim com o algoritmo usado. Leia mais sobre isso aqui, aqui e aqui.