Ponto de Função não é para dar estimativa. Ele te dá um número que corresponde ao "tamanho das funcionalidades" do sistema.

Claro que vc pode, a partir disso, estimar ("minha equipe consegue entregar X pontos por semana"), mas aí caímos no mesmo problema de sempre: estimativa não é sinônimo de prazo.

Estimativa é um chute. De preferência muito bem embasado, baseado em experiências anteriores, e feito depois de uma análise detalhada dos requisitos. Mas ainda sim, um chute. E não é a metodologia A ou a técnica milagrosa B que vai mudar isso.

Inclusive, não vejo Ponto de Função sendo muito usado hoje em dia, em muitos lugares já é considerado ultrapassado. Alguns acham até que é o equivalente da numerologia para a nossa área.

Na verdade, o problema começa antes. Se os requisitos não estão bem definidos, qualquer análise posterior (seja usando Ponto de Função ou qualquer outro método) será falha, e qualquer estimativa derivada disso estará errada: