Qual é a escolha mais comum entre empresas?
Não sei se existem dados oficiais sobre isso. Pesquisei um pouco e não encontrei nada a respeito, mas sinceramente, não acho que é uma informação tão relevante assim.
O mais importante, na minha opinião, é conhecer o Git. Não só decorar alguns comandos, mas entendê-lo de fato. Saber o que cada comando está fazendo, como cada um altera o repositório, e como isso pode ou não afetar as demais pessoas que trabalham no mesmo projeto.
Dito isso, acho a linha de comando muito mais importante, pois ela é a única que é garantido que sempre estará disponível. Ferramentas desktop e interfaces gráficas em geral vem e vão, e sem saber o que acontece por debaixo dos panos, sem entender o que cada comando faz, toda ferramenta se torna inútil (ou pior: alguém que não sabe o que está fazendo vai acabar quebrando algo, independente do que estiver usando). Conhecendo bem o Git, vc aprende a usar qualquer ferramenta em poucos dias.
Pessoalmente, ainda prefiro a linha de comando, pode até ter uma curva de aprendizado não muito curta, mas já me habituei. Talvez seja algum defeito no meu cérebro, mas nunca consegui me adaptar com nenhuma dessas ferramentas visuais. E se uma empresa obrigasse todo mundo a usar A ou B, eu acharia péssimo. Idealmente, vc deveria poder usar o que te torna mais produtivo.
Aproveitando, seguem alguns links para aprofundar seu entendimento sobre o Git.
Aqui tem uma explicação bem detalhada sobre git reset.
E sobre git rebase (que é um comando que eu não usava muito, porque não conseguia entender, mas hoje ele é bem útil em alguns casos), este artigo é bem esclarecedor. Ele é longo e boa parte dele parece que não tem nada a ver com rebase, mas garanto que no final tudo fará sentido :-)
Por fim, tem também dois posts meus que falam sobre detalhes internos do Git, e que ajudam muito a entender melhor como ele funciona: