devo continuar fazendo do jeito que estou ou passar a usar flexbox apenas onde realmente é necessário?

Use apenas onde é necessário.

E isso não vale apenas para flexbox, vale para qualquer coisa (linguagem ou recurso específico da linguagem, paradigma de programação, biblioteca, framework, IDE, etc).

Pra tudo que a gente usa, o ideal é estudar e entender muito bem pra que serve, quais problemas aquilo resolve e em quais casos ele não serve, os prós e contras, as vantagens e desvantagens. Depois, de posse dessas informações, vc avalia caso a caso o que faz mais sentido usar.

Claro que muito desse conhecimento vem da experiência, principalmente da negativa (usei e descobri que não era bom para aquele caso), mas pelo menos agora vc saberá que nos próximos casos similares talvez seja melhor usar outra coisa.

Usar sempre (ou não usar nunca) alguma coisa, sem justificativa técnica (só porque alguém disse que é "boa/má prática" mas não explicou o porquê), cai naquela história clássica - e batida - de que "pra quem só sabe usar o martelo, tudo parece um prego".