Cada caso é um caso, não trabalho na sua empresa e não sei como é a cultura no geral, mas se tem algo que aprendi é que tudo se resolve na conversa. Chama o mano pra trocar uma idéia, pra entender o porque não dá pra andar com as alterações, e como você pode fazer para andar com elas. As vezes de fato um sistema é complicado, e não é "saudável" refatorar muito código de uma vez, mas aplicar uma mudança/melhoria por vez, de vez em quando sempre é válido, ainda mais quando o processo de deploy não é custoso (por exemplo, quando a empresa não possui uma politica de CAB/COR).

99% dos problemas no trabalho são resolvidos com comunicação assertiva; um mal entendido ou algo do tipo sempre pode acontecer, então se comunicar é a melhor saída. Se você mesmo depois de todos esses esforços se encontrar na mesma situação, tente escalar! Sempre vai ter alguém acima de você numa hierarquia dentro da empresa, e geralmente essas pessoas sempre querem gerar resultados. Use isso ao seu favor.