Acho que todos esses direcionamentos se resumem a uma única palavra: comunidade. · jooojano

Acho que todos esses direcionamentos se resumem a uma única palavra: comunidade.
Geralmente a comunidade ele realiza essas "pré-definições" por conta de bibliotecas disponíveis, e um pouquinho de "puxada de sardinha para o próprio lado".
Então, justificando melhor sobre o porquê das linguagens que você citou terem sua "área" (minha própria opinião):

Java é considerado "bom" para sistemas empresariais porque foi uma das primeiras linguagens a pegar o conceito de "multiplataforma", que é no caso escrever uma vez o código, e rodar em qualquer máquina, sistema operacional, arquitetura de processador, entre outros. E, por conta disso, muitas empresas adotaram justamente por essa facilidade, já que geralmente empresas tem ambientes heterogêneos. Sendo assim, foram criadas várias soluções, as mais notáveis o Spring e, mais recentemente, o Quarkus, que possuem várias bibliotecas que fornecem várias ferramentas, como framework ORM, serializadores, integrações com bancos de dados, tudo isso já pronto, só usar as classes. Obviamente Java também tem a parte web, como JavaServer Faces, e desktop, como o Java Swing, mas a comunidade se focou a servir a soluções mais focadas à empresas, então outros tipos de soluções ficaram em escanteio.
Python é utilizada para análise de dados, principalmente, por conta da facilidade da linguagem, na qual foi utilizada principalmente por cientistas para desenvolver bibliotecas de análise de dados e inteligência artificial. Hoje a principal biblioteca do Python para análise é o Pandas, mas também há outros frameworks como PyThorch e Tensorflow por exemplo. Python, assim como Java, é uma linguagem que tem múltiplos propósitos, e não exclui você fazer outros tipos de aplicações, como aplicações Web (temos o Django e Flask por exemplo), aplicações Desktop (temos o Kivy), entre outros. Porém o ambiente mais forte pra Python é, de fato, automatizações e análise de dados.
C# é quase a mesma coisa que Java, com a diferença de que a Microsoft está por trás, então até pouco tempo atrás C# era a linguagem de facto para desenvolvimento de aplicações para Windows. Hoje em dia C# permite um desenvolvimento multiplataforma, mas também permitia o desenvolvimento de aplicações web, com o framework .NET e de jogos com o framework Mono.

Então, como citado, tudo depende da comunidade, porém os exemplos acima e que você passou são de linguagens multipropósito, então tanto C# quanto Python quanto Java geralmente podem fazer de tudo um pouco, mas não é especializado pra uma determinada coisa, porém existem linguagens específicas para determinadas funcionalidades. Linguagens como [Julia](https://pt.wikipedia.org/wiki/Julia_(linguagem_de_programa%C3%A7%C3%A3o) e [R](https://pt.wikipedia.org/wiki/R_(linguagem_de_programa%C3%A7%C3%A3o) são focadas para computação científica, enquanto PHP é uma linguagem muito mais focada para programação web, assim como JavaScript, porém JavaScript hoje é uma linguagem multipropósito igual os 3 exemplos acima por causa da comunidade. C, C++ e Rust são linguagens de programação de sistemas, que você também pode usar pra fazer qualquer coisa, mas são linguagens de baixo nível, então você precisa lidar com gerenciamento de memória, o que é uma coisa bem chata e que na maioria das situações você não precisa se preocupar, principalmente em linguagens que possuam Garbage Collector.

Por fim, além da comunidade e do propósito explícito de algumas linguagens, também tem o fator de familiaridade. Não é porque Java é bom para aplicativos empresariais que eu não possa utilizar PHP por exemplo. Na empresa que eu trabalho a maioria esmagadora das APIs são feitas em Python, utilizando o framework Django. Funciona? Claro. É o que a maioria das empresas usa? Não.

Então outro item que tem que ser colocado em consideração é a familiaridade com a linguagem. Aprendeu Python na faculdade? É provável que tu funde uma empresa usando Python ou vá atrás de empresas que usem Python, já que é sua zona de conforto.

Por fim, não acho que você tem que estar profundamente envolvido na linguagem pra saber que ela não é boa para desenvolvimento de sistemas. Você precisa saber como a linguagem funciona, seu paradigma de programação e as bibliotecas disponíveis pra entender o ecossistema e verificar se vale a pena para determinado caso de uso ou não. Isso é questão de experiência que tu adquire ao longo do tempo. Toda tecnologia tem seus pontos positivos ou negativos, então você vai ter sua própria opinião ao longo do tempo sobre se tecnologia x é boa para algo ou não.

Eu diria que um não exclui o outro. A equipe de desenvolvimento da linguagem geralmente vai definir uma filosofia do que é o propósito da linguagem, e muitas vezes somente fornecem suporte para o desenvolvimento relacionado àquele suporte (ex. programação focado pra web). Por exemplo, PHP é uma linguagem server-side, que significa que o código irá rodar apenas no servidor, sendo que o resultado, já pronto, é enviado para o cliente (ex. seu navegador), sem nenhum processamento adicional.

Porém a comunidade pode interferir na especificação original e tomar um outro caminho. JavaScript é um exemplo. JavaScript, ao contrário do PHP, é uma linguagem que originalmente era client-side, ou seja, o código é executado no cliente para efetuar alguma ação, como uma animação por exemplo, porém com o surgimento de outros runtimes, como o Node.js, a linguagem passou a também ser server-side também.

Em adição, podem haver restrições da própria linguagem que foi colocada lá por alguma restrição técnica ou até mesmo porque não é o propósito da linguagem. Um exemplo é Java, que não permite algumas operações, como por exemplo mandar pacotes ICMP puros. Então caso tu tenha esse caso de uso, você precisaria utilizar outra linguagem que tenha suporte a implementação do ICMP.

Por fim, os fundamentos e a forma de como a linguagem foi estruturada, assim como a comunidade geram um ecossistema, e cada um desses ecossistemas geram especificidades únicas, com suas forças e fraquezas.