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Olá, DevDokas!
O projeto é para você mesmo ou para algum cliente? Porque existem alguns pontos, que na minha opinião, são mais importantes para pautar essa decisão:

  1. Taxas e margem, podem variar significativamente entre os gateways.
  2. Tipo de produto ofertado. Se vai trabalhar com assinaturas, venda de produtos físicos ou digital goods.
  3. Política de chargeback. Extremamente importante se você vende produtos de alto valor como eletrônicos.
  4. Suporte.
  5. Política de recebimento. Existem gateways que repassam os valores instantaneamente e outros com D+30. Para quem precisa de muito giro, isso também é fundamental.

No meu caso o melhor custo benefício e que atende meu modelo tem sido o Stripe, mas já usei PayPal, PagSeguro e Iugu.

O PayPal mudou recentemente a política de saques e você recebe o dinheiro automaticamente na conta em um sistema de D+0, o que é bom, por outro lado as taxas para venda no exterior não são tão convidativas.

O PagSeguro por sua vez tem um sistema de fraude mais sensível, ou seja, inevitavelmente ele acaba cancelando compras legítimas por parecer "suspeito". Por isso só recomendo usar se tiver uma alternativa ou correrá o risco de perder vendas.

Já o Iugu passa a ser interessante para empresas que tenham um faturamento previsível e mais volumoso, e pode ser uma opção interessante para quem vende no mercado brasileiro.

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Além dos pontos levantados, acredito que antes de partir para a escolha da ferramenta é necessário compreender os requisitos de negócios. Por exemplo, precisa de split de pagamento?
Trabalho com a Pagarme porque faz o split com vários sellers/vendedores e é possível realizar retentativa de pagamento com uma transação de pagamento por cartão de crédito.
No resumo cada ferramenta irá resolver um conjunto de problemas e o importante é vocês compreender quais problemas o seu sistema precisa resolver.