Qual o tipo de filesystem você está instalando? brfs, ext4?
O que você pode fazer é colocar uma instrução no grub para que sempre que o SO iniciar ele executar um checkdisk rápido para verificar se houve algum problema com o disco e ele se virar sozinho.
Caso queira colocar, geralmente é no arquivo /etc/default/grub
você adiciona a linha fsck.mode=force fsck.repair=yes
Mas é bom dar uma pesquisada sobre, até porque não tenho informações sobre seu SO, partições e também é preciso ver se não existem badblocks nesse disco.
Em resposta a [Não disponível]
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O fylesystem é ext4.
0 badblocks encontrados.
Outra coisa é que o SO instalado é uma imagem clone de outra máquina.
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Como você está fazendo o clone? Está usando algum software ou a própria gaveta está clonando?
Tenta gerar uma ISO do SO, tem bons softwares que eu uso, como Systemback, Refracta ou PenguinEggs.
Gera uma ISO e manda instalar nesse HD.
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Eu estava fazendo a imagem pelo clonezilla.
Fiz exatamente isso, baixei o ISO do SO e instalei na máquina e coloquei um timer de energia para simular quedas de energia, afim de fazer testes se a máquina vai continuar dando erro.