Tem alguns pontos a ser levantados nessa discussão, primeiro, se existe um crime não é você que está cometendo. Mas pra mim é principal é entender o modelo de trabalho, se você presta serviço para uma empresa, mas se é você controla os horarios, onde e como trabalhar, eu não vejo nenhum problema em ter um contrato PJ, mesmo que já com uma única empresa e que você leve aquele trabalho como "CLT", lembrando sempre que tudo passa por um contrato aceito e assinado pelos 2 lados.

Meu exemplo pessoal, eu prefiro aceitar contratos PJ pela liberdade que isso me da, no meu ultimo trabalho eu estava como PJ e o CEO começou a querer que eu atuasse presencial e com um vinculo muito parecido com CLT, então eu decidi mudar de empresa. Atualmente ainda estou como PJ, mas atuando remoto e fazendo meu horário e estou procurando novas oportunidades como freelas por exemplo.