Vai ser mais prático se você separar por branchs.

Outra dica é deixar qualquer tipo de informação como senhas, url para banco de dados e outras informações ligadas ao ambiente salvas em um arquivo de configuração (que não é indexado no git). Geralmente usa-se um arquivo .env pra isso, ou algum outro sistema parecido, muitos frameworks já tem suporte a algo do tipo.